La Almudena custodia el arca de san Isidro, donde reposó el cuerpo incorrupto del santo
Una de las obras de arte más importantes de la diócesis es el arca de san Isidro, donde reposó el cuerpo incorrupto del santo. Actualmente se encuentra en la catedral de la Almudena, en la capilla de la girola dedicada al patrón de Madrid y a santa María de la Cabeza, su esposa. San Isidro murió a los 90 años, en 1172, y fue enterrado en la Sacramental de San Andrés, siendo exhumado 40 años después. Se encontró el cuerpo íntegro e incorrupto en 1212 y se trasladó a la iglesia de San Andrés.
El rey Alfonso VIII donó un primer arca para el cuerpo, y a finales del siglo XIII se trasladó al arca que actualmente conservamos, que sale en procesión en ocasiones extraordinarias para pedir la lluvia. En el año 1555, el arca llegó a la capilla de San Isidro (hoy Capilla del Obispo), en 1593 comenzó el proceso de canonización y en 1622 fue canonizado por Gregorio XV.
En el año 1620 los plateros de Madrid regalaron un arca de plata para el cuerpo del santo, siendo trasladado a esta desde el arca del siglo XIII. Carlos III, en el año 1769, mandó trasladar las reliquias del santo y su esposa a la iglesia del colegio Imperial, que se llamará desde entonces Real Colegiata de San Isidro, y allí permanecerá el cuerpo hasta la Guerra Civil, cuando fue ocultado para evitar su profanación. Volvió a su lugar una vez terminada la contienda, donde se venera hoy en día. El arca del siglo XIII, tenida como relicario por haber contenido el cuerpo del santo, se trasladó al palacio episcopal y de allí a la catedral de la Almudena en el año 1993.
El arca es un ejemplo del gótico castellano y presenta la originalidad de estar revestida de cuero sobre el que se pintaron las escenas que narran los milagros y vida del santo: el milagro de los bueyes arando, el del trigo para las palomas, el de la olla vacía… En la tapa se encuentra el cuarterón más importante para nosotros, el de Isidro rezando ante la Virgen de la Almudena. Es la representación más antigua que tenemos de la patrona de Madrid, una imagen románica en la que la Virgen tiene en sus manos una manzana entera (recordando que a María no tocó el pecado) y al Niño sentado sobre ella. Esta imagen parece ser que desapareció en un incendio y las cenizas se conservan en una pequeña ampolla dentro de la imagen actual, de finales del siglo XV.