Hijo (natural) de Per Afán de Ribera, I duque de Alcalá de los Gazules, un prócer de las cortes de Carlos V y Felipe II que llegaría a ser Virrey de Cataluña y de Nápoles, Juan de Ribera nació en Sevilla en 1532. Siendo muy niño, perdió a su madre, Teresa Pelo, por lo que su padre volvió a hacerse cargo de su educación. No escatimó en medios: mandó a Juan a estudiar a la Universidad de Salamanca, donde tuvo como profesores a Francisco de Vitoria y a Domingo de Soto. Un detalle: para su sustento en Salamanca, su padre puso a su disposición casa, un ayo, cuatro pajes y 20.000 escudos de renta anual.
Sin embargo, Juan, que ya tenía clara su vocación sacerdotal, optó por vivir de forma austera, ayudando a pobres y demostrando ser un gran devoto de la Eucaristía. Volvió a Sevilla para ser ordenado sacerdote, pero no tardó en emprender de nuevo el camino de Salamanca, para impartir Teología en la misma universidad en la que estudió. Su brillantez llamó la atención del Papa San Pío V -que le distinguió con el título patriarcal de Antioquía- y de Felipe II, que le hizo rector.
De las aulas a la diócesis: en 1563 fue nombrado obispo de Badajoz. Aplicó con esmero las reformas del concilio de Trento y realizó numerosas visitas pastorales, ganándose la estima de San Juan de Ávila, entre otros. Repitió ese estilo pastoral en su siguiente destino episcopal, Valencia, que combinó con el cargo de virrey. Allí, fundó el Colegio del Corpus Christi y el Convento de las Agustinas Descalzas, catequizó a niños en Burjasot e intentó, sin éxito, convertir a los moriscos. Murió en Valencia en 1611. Fue canonizado por San Juan XXII el 12 de junio de 1960.