San Eulogio nació en Córdoba alrededor del año 800, en plena dominación árabe. Su familia era cristiana: según Jorge Sans Vila, su abuelo —que también se llamaba Eulogio— le habría enseñado al decir las horas: «Dios mío, ven en mi auxilio; Señor, date prisa en socorrerme». Tenía el futuro mártir una gran inclinación al estudio, por lo que ingresó en una comunidad de sacerdotes de la Iglesia de san Zoilo, donde conoció al que más adelante sería su biógrafo y fiel colaborador, un rico burgués cristiano llamado Álvaro.
Eulogio fue ordenado sacerdote con 25 años. Bibliófilo empedernido, recorrió monasterios de Navarra y Aragón en los que descubría manuscritos que luego traía consigo a Andalucía con el fin de potenciar el saber en esa tierra. Lo consiguió durante varios años en los que imperaba un clima de tolerancia pese a que no eran infrecuentes los martirios de cristianos a manos de musulmanes.
La suerte de Eulogio quedó echada cuando la comunidad mozárabe de Toledo le eligió para ser su nuevo arzobispo. Las autoridades musulmanas, sin embargo, no le permitieron salir de la ciudad y aprovecharon la oportunidad para acusarle de proselitismo y acabó siendo decapitado. Era el año 859.