Ratzinger fue fiel consejero de san Juan Pablo II
El cardenal Ratzinger fue el colaborador más cercano de su antecesor en la sede de Pedro. De esos años destaca la publicación del catecismo de la Iglesia católica
El 25 de noviembre de 1981 san Juan Pablo II nombró al cardenal Ratzinger prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe, y presidente de la Pontificia Comisión Bíblica y de la Comisión Teológica Internacional. Gerardo del Pozo, exdecano de la Facultad de Teología de la Universidad San Dámaso, explica a Alfa y Omega que «existía una mutua compenetración y sintonía entre ambos. En 1980, cuando Juan Pablo II estuvo en Múnich, le dijo a Ratzinger que le había gustado mucho su libro Introducción al cristianismo, y quería que fuese a vivir a Roma para ser su colaborador en Doctrina de la Fe. Ratzinger aceptó, pero expresó que le gustaría seguir manifestando sus puntos de vista teológicos personales».
En la congregación destacó especialmente su discernimiento sobre la teología de la liberación, sobre la aplicación correcta del Concilio Vaticano II, y sobre lograr uno de los objetivos del Concilio, que fue elaborar un catecismo universal, un texto unitario para toda la Iglesia católica. «El cardenal alemán tuvo cierta influencia en el magisterio de Juan Pablo II; por ejemplo, en la encíclica Veritatis splendor», explica Del Pozo.
George Weigel, conocido biógrafo del Papa polaco, considera que, al designar como prefecto de la congregación a un hombre de la talla intelectual de Ratzinger, «Wojtyla mostró su deseo de conseguir una verdadera renovación de la teología siguiendo las ideas del Concilio».
El periodista y escritor Vittorio Messori destaca cómo «uno de los jóvenes colaboradores de Ratzinger en Roma nos comentó la intensa vida de oración con la que contrarrestaba el peligro de convertirse en un gran burócrata, rubricador de decretos ajenos a la humanidad de las personas a las que les afectan. Este joven nos decía que el cardenal alemán los reunía en la gran capilla del palacio de la congregación para darles una meditación o hacer un rato de oración en común: “Había en él una constante necesidad de enraizar nuestro trabajo diario, frecuentemente ingrato, en cristianismo vivido”».
En noviembre de 1983, la Congregación para la Doctrina de la Fe promulgó el nuevo Código de Derecho Canónico. Y, en agosto de 1984, publicó la instrucción sobre algunos aspectos de la teología de la liberación. Weigel explica que «el documento tenía sus orígenes en una conversación de 1982 entre Juan Pablo II y el cardenal Ratzinger. La iniciativa intelectual correspondía a Juan Pablo II, convencido de que la liberación era un gran tema bíblico y cristiano, y de que la Iglesia tenía la responsabilidad de elaborar la verdadera teología de la liberación, sobre todo a la luz de lo que estaba ocurriendo en América Central».
El catecismo de la Iglesia católica se publicó en 1992. El cardenal Ratzinger diría más adelante: «Sigue siendo para mí una especie de milagro que, de un proceso de redacción tan complicado, haya salido un libro legible, internamente homogéneo en lo esencial y, en mi opinión, bien escrito». Él no fue quien lo redactó, pero sí hizo las funciones de un buen «director de orquesta», como presidente de la citada comisión. El profesor Del Pozo señala que la redacción material del texto la llevó a cabo el arzobispo de Viena, cardenal Schönborn, ayudado por dominicos franceses y suizos.
En 1998, Juan Pablo II aprobó la elección del cardenal Ratzinger como vicedecano del Colegio Cardenalicio. Y, en 2002, aprobó su elección como decano; con dicho cargo le fue asignada la sede de Ostia. En 1999, Joseph Ratzinger pronunció una conferencia en la Universidad de La Sorbona (París), sobre la importancia de la razón en el cristianismo. Finalmente, en 2003, Juan Pablo II encargó al prefecto alemán la elaboración de un catecismo breve. Dos años después, vio la luz el compendio del catecismo.
En sus años como colaborador de san Juan Pablo II, el cardenal Ratzinger fue, además de prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe, miembro del Consejo de la Secretaría de Estado para las Relaciones con los Estados; de las Congregaciones para las Iglesias Orientales, para el Culto Divino y la Disciplina de los Sacramentos, para los Obispos, para la Evangelización de los Pueblos, para la Educación Católica, para el Clero y para las Causas de los Santos; miembro de los consejos pontificios para la Promoción de la Unidad de los Cristianos y para la Cultura; miembro del Tribunal Supremo de la Signatura Apostólica, y de las comisiones pontificias para América Latina, para la interpretación auténtica del Código de Derecho Canónico y para la revisión del Código de Derecho Canónico Oriental.