Francisco de Jasso y Azpilicueta nació en el Castillo de Javier, Navarra, en 1506. Era el hijo menor de Juan de Jasso y Atondo, presidente del Real Consejo de Navarra, y de María de Azpilicueta y Aznárez, titular del señorío de Javier, defensores de la causa de Juan de Albret frente a Fernando el Católico en la guerra que determinó la anexión de Navarra a la Corona de Castilla (1512-1515).
Como muchos de los hijos de buena familia de la época, pudo ampliar su formación académica en el extranjero y se decantó por París. Allí, mientras estudiaba filosofía y teología conoció a Ignacio de Loyola, quien le reclutó para su proyecto de fundar una nueva orden: en 1534, Francisco hizo en la capital francesa sus primeros votos, siendo ordenado sacerdote tres años más tarde en Venecia. Asimismo, participó en la fundación de la Compañía de Jesús en Roma.
Desde entonces se consagró a la actividad misionera: en 1541 fue enviado a la India como legado pontificio, con la misión de evangelizar las tierras situadas al este del cabo de Buena Esperanza, respondiendo a una petición de Juan III de Portugal. Instalado al año siguiente en Goa, a la sazón capital de la India lusa, desplegó una intensa actividad cuidando enfermos, visitando presos, predicando el cristianismo, convirtiendo nativos, negociando con las autoridades locales y defendiendo la justicia frente a los abusos de los colonos.
Su apostolado se extendió por el sur de la India, Ceilán, Malaca, las Islas Molucas y Japón. Cuando se disponía a entrar en China para continuar su labor, murió de pulmonía a las puertas de Cantón. Fue canonizado en 1622 y declarado patrono de las misiones de la Iglesia católica.