Nació el 21 de agosto de 1711 en la localidad vallisoletana de Torrelobatón, donde su padre asumía las funciones de secretario municipal, si bien su familia era originaria de Hoyos, el lugar que corresponde a su apellido. Pero lo importante —y también se puede decir que premonitorio— en la identidad de este beato son sus nombres: el primero se lo pusieron por san Bernardo de Claraval, el segundo por san Francisco Javier.
De este último heredó la vocación jesuita, cursando sus estudios primarios y secundarios en los colegios que la Compañía de Jesús tenía en Medina del Campo y en Villagarcía de Campos. Y también haciendo gala de una vocación religiosa precoz: sin haber cumplido los 15 años y gracias a una recomendación especial, fue admitido en el Noviciado y poco después emitió sus votos perpetuos. En Medina del Campo, primero, y en Valladolid, después, emprendió estudios de Filosofía y Teología.
Tan brillante era, que si haber terminado los estudios de Teología, una dispensa le permitió ser ordenado sacerdote antes de los habitual. Pero Bernardo no pretendía en absoluto pulverizar marcas: lo suyo era profundizar en el culto al Sagrado Corazón de Jesús.
Según hizo saber a su confesor: «Dióseme a entender que no se me daban a gustar las riquezas de este Corazón para mi sólo, sino para que por mi las gustasen otros. Pedí a toda la Santísima Trinidad la consecución de nuestros deseos, y pidiendo esta fiesta en especialidad para España, en que ni aun memoria parece hay de ella, me dijo Jesús: Reinaré en España, y con mucha más veneración que en otras muchas partes».
Tras vivir esta experiencia mística, conocida como la Revelación de la Gran Promesa, no ahorró esfuerzos en fomentar esta devoción. Fue el principal valedor del libro Tesoro escondido en el Sacratísimo Corazón de Jesús, que fue difundido por toso el mundo a partir de 1734.
En el otoño de 1735, enfermó de tifus y entregó su alma a Dios el 29 de noviembre de 1735, a la temprana edad de 24 años.
Fue beatificado por Benedicto XVI el 18 de abril de 2010.