Gran parte de su vida la conocemos por el testimonio de su colega el obispo Fortunato, que asegura estuvo adornado del don de milagros.
Nació Germán en la Borgoña, en Autun, del matrimonio que formaban Eleuterio y Eusebia en el último tercio del siglo V. No tuvo buena suerte en los primeros años de su vida carente del cariño de los suyos y hasta estuvo con el peligro de morir primero por el intento de aborto por parte de su madre y luego por las manipulaciones de su tía, la madre del primo Estratidio con quien estudiaba en Avalon, que intentó envenenarle por celos.
Su pariente de Lazy —con quien vive durante 15 años— es el que compensa los mimos que no tuvo Germán en la niñez. Allí sí que encuentra amor y un ambiente de trabajo lleno de buen humor y de piedad propicio para el desarrollo integral del muchacho que ya despunta en cualidades por encima de lo común para su edad.
Con los obispos tuvo suerte. Agripin, el de Autun, lo ordena sacerdote solucionándole las dificultades y venciendo la resistencia de Germán para recibir tan alto ministerio en la Iglesia; luego, Nectario, su sucesor, lo nombra abad del monasterio de San Sinforiano, en los arrabales de la ciudad. Se hizo modelo de abad por marcar el tono sobrenatural de la casa caminando por delante con el ejemplo en la vida de oración, la observancia de la disciplina, el espíritu penitente y la caridad.
Es allí donde comienza a manifestarse en Germán el don de milagros, según el relato de Fortunato. Por lo que cuenta su biógrafo, se había propuesto el santo abad que ningún pobre que se acercara al convento a pedir se fuera sin comida; un día reparte el pan reservado para los monjes porque ya no había más; a la hora de comer, cuando brota la murmuración y la queja entre los frailes que veían peligrar su pitanza, llegan al convento dos cargas de pan y, al día siguiente, dos carros llenos de comida para las necesidades del monasterio. También se narra el milagro de haber apagado con un roción de agua bendita el fuego del pajar lleno de heno que amenazaba con arruinar el monasterio. Otro más —y curioso— es cuando el obispo, celoso —que de todo hay— por las cosas buenas que se hablan de Germán, lo manda poner en la cárcel por no se sabe qué motivo (quizá hoy se le llamaría «incompatibilidad»); las puertas se le abrieron al estilo de lo que pasó al principio de la cristiandad con el apóstol, pero Germán no se marchó antes de que el mismo obispo fuera a darle la libertad; con este episodio cambió el obispo sus celos por admiración.
El rey Childeberto usa su autoridad en el 554 para que sea nombrado obispo de París a la muerte de Eusebio y, además, lo nombra limosnero mayor. También curó al rey cuando estaba enfermo en el castillo de Celles, cerca de Melun, donde se juntan el Yona y el Sena, con la sola imposición de las manos.
Como su vida fue larga, tuvo ocasión de intervenir varias veces en los acontecimientos de la familia real. Alguno fue doloroso porque un hombre de bien no puede transigir con la verdad; a Cariberto, rey de París —el hijo de Clotario y, por tanto, nieto de Childeberto—, tuvo que excomulgarlo por sus devaneos con mujeres a las que va uniendo su vida, después de repudiar a la legítima Ingoberta.
El buen obispo parisino murió octogenario, el 28 de mayo del 576. Se enterró en la tumba que se había mandado preparar en San Sinfroniano. El abad Lanfrido traslada más tarde sus restos, estando presentes el rey Pipino y su hijo Carlos, a San Vicente que después de la invasión de los normandos se llamó ya San Germán. Hoy reposan allí mismo —y se veneran— en una urna de plata que mandó hacer a los orfebres el abad Guillermo, en el año 1408.