Santo Tomás nació en Fuenllana, Ciudad Real, en 1488. Su nombre le viene del pueblo donde se educó y creció, Villanueva de los Infantes. De pequeño, en su familia, aprendió de la caridad de sus padres, que ayudaban a los pobres por amor de Dios.
El santo estudió en la universidad de Alcalá y obtuvo unos grandes resultados. En 1516 entró a formar parte de la comunidad de los Agustinos de Salamanca. Dos años después de ingresar fue ordenado sacerdote. Dentro de la orden ocupó los cargos de prior de convento, visitador general y prior provincial de Andalucía y Castilla. También trabajó como profesor de la universidad de Salamanca y fue consejero y confesor de Carlos I de España. Se dice que Tomás tenía una especial inteligencia y que tenía un gran criterio para ofrecer consejos en las situaciones más difíciles.
También tuvo fama entre sus contemporáneos de gran austeridad personal y de hombre caritativo, virtud heredada de sus padres. Llegó a vender el colchón sobre el que dormía para darle el dinero a los pobres. A pesar de dar limosnas era más partidario de intentar sacar de la pobreza a la persona y no solo quedarse en una limosna puntual.
Santo Tomás era hombre caritativo y de mucha oración. Era frecuente que cuando rezaba, especialmente los salmos o cuando se encontraba en Misa, se quedara en éxtasis. En estos momentos se quedaba paralizado mirando al cielo y su rostro brillaba intensamente. Predicando un día sobre la transfiguración del Señor, dijo: «En cuanto a mí me ha sido dado, sin ningún mérito mío, subir con él hasta la santa montaña y contemplar la gracia de su rostro, aunque sólo fuese de lejos, ¡con qué lágrimas, con qué entusiasmo gritaba entonces: Señor, bueno es estar aquí! No permitáis que descienda jamás. No os alejéis, por favor. ¡Que sea así toda mi vida, todos los días de mi vida! ¿Para qué quiero más?».